根据深圳官方统计，截至2009年底，深圳市农村城市化历史遗留违法建筑总计37.74万栋，约4亿平方米，约占深圳市总建筑面积的一半。
2009年5月通过的《处理决定》对农村历史遗留违建规定了确认产权、依法拆除或者没收、临时使用等处理方式，但这部出台许久却没有进入实施阶段的《处理决定》也让外界猜测深圳的历史遗留违建处理远比想象中复杂。2012年8月出台的《暂行措施》规定：“原农村集体经济组织继受单位应作为唯一的土地确权主体”，由村集体去处理土地上建筑物的相关权益。这释放的一个信号是“政府与集体对话”，其背后的逻辑是：通过利益均享的方式来推进土地确权工作。
深圳第二次土地改革大幕正在徐徐展开
今年5月获得批复的《深圳市土地管理制度改革总体方案》（以下简称《方案》）犹如尚方宝剑，正在指导探路者“披荆斩棘”。今年8月出台、已实施2个月的另一纸文件如同其注脚，在缓慢发酵中释放着“土改”方案的新信号。
8月，深圳出台了《关于加强和改进城市更新实施工作的暂行措施》（以下简称《暂行措施》），在历史用地确权和处置方面采用这样的原则：“原农村集体经济组织继受单位应作为唯一的土地确权主体”，这意味着如果这一原则普遍和扩大采用，那么在“小产权房”以违建形式存在的深圳，村集体将成为夹在政府和违建权利人之间的“中间人”，政府只跟村集体确权，而由村集体去处理土地上建筑物的相关权益。
一名官员形容“土改”是中央给予深圳土地制度上先行先试的权利，而《暂行措施》则被外界理解为深圳市政府的一种放权和让位于市场解决权益分配。
如果这样一种原则和方法扩大，政府、村集体乃至开发商都显然乐见其成，深圳“城中村”土地二次开发也得以提速，但质疑声却表示，这是否意味着政府把违建处理的行政管理关系“变性”为村集体与违建者的民事关系，虽避免了政府与小产权房业主的直面，却也将遭遇种种法律困境和难题。
