2010年10月开业至2012年末，广州塔公司累计亏损了16996万元。12月1日，广州市审计局公布的广州新电视塔建设和运营绩效情况专项审计调查结果显示，广州塔经营未达可研目标，公司持续亏损。另外，广州塔主要定位之一的广播电视发射功能到目前仍未发挥，用房一直闲置，审计报告建议加紧研究确定广播电视发射用房的使用方案，改变其闲置状态。假如广东省电视技术中心、广州市电视台不能够入驻，应尽快拟定将其改作他用的方案，尽早发挥效益。
天线变短超支逾1600万元
本次审计调查列出了导致投资额增加的两个项目。首先是广州塔项目天线桅杆下降14.2米，导致了增加支出。2009年5月广州塔项目完成了614.2米的海拔高度建设，2010年3月，广州塔公司根据中国民用航空中南地区管理局函复要求实施了天线桅杆下降14.2米的工程，施工变更造成增加支出1666.49万元。
另外，西餐厅重复装修也增加了支出。按项目可研定位，广州塔西餐厅的经营模式为对外出租，装修标准采用简装形式。后广州塔公司通过内部决定并经市城投集团批准，将西餐厅改为合作经营，其装修标准调整为精装修，对原有天花、墙面等进行了部分拆除再建，被拆除部分原装修成本为349.16万元，造成增加支出。
亏损额度连续3年增加
广州塔项目可行性研究报告的年均收入目标57727.4万元，实际26534.03万元，实际比目标减少31193.37万元。年均成本目标37971.38万元，实际34087.81万元，实际比目标减少3883.57万元。广州塔公司自2010年10月开业以来持续亏损，至2012年末，广州塔公司累计亏损16996万元。
审计报告显示，广州塔项目经营未达可研目标，公司持续亏损。开业以来，广州塔经营未达可研目标。至2012年末，累计经营收入59701.56万元，仅达可研目标的53.52%。公司整体运营总成本均远高于运营总收入，运营状况不容乐观，经营面临较大困难。
审计报告提出，从目前的情况来看，收入远未达到预期目标，债务比例过高、利息负担过重是广州塔公司经营出现亏损的主要因素。因此，建议通过增加注入资本金或引入战略投资者、经营者，改善公司资本结构，降低利息负担，加强经营管理，增加收入，从而使公司逐步扭亏为盈并实现良性发展。
广播电视发射平台未发挥效益
广州塔可研的定位是集城市地标、旅游观光、文化娱乐、商业购物、广播电视发射等功能于一体的大型公共综合性设施。然而审计报告却显示，广播电视发射用房一直闲置，未发挥效益。按可研计划，在项目开业后广州塔E区约4707.7平方米的广播电视发射用房全部出租，作为省电视技术中心、市电视台的广播电视发射平台，实际自开业以来一直闲置，未能取得相关租赁收益。审计调查建议加紧研究确定广播电视发射用房的使用方案，改变其闲置状态。按可研报告测算，如省电视技术中心、市电视台能够入驻，广州塔一年的租金收入将增加2318万元，占广州塔当前年均总收入的8.74%。如确定不入驻，则尽快拟定将其改作他用的方案，尽早发挥效益。
审计报告还发现，广州塔运营方将商业用房改为公司内部行政用房。2010年10月开业以来，广州塔公司将广州塔首层西侧约830.83平方米商业用房用作办公用房，同时将公司6层142.64平方米原办公室调整为商业经营用，由此共减少商业经营场所688.19平方米。参照目前周边临近位置商铺的租金，广州塔公司每年少收入约338.59万元。
