且不论扑朔迷离的股权之争对公司产生怎样的影响，万科自身的问题足以令投资者眼花缭乱：
毛利率和净利率持续下降，营业收入大幅增长背景下净利润却增长乏力；
事业合伙人制度遭受普遍质疑，随着制度的推进，万科少数股东权益及利润分配越来越高，侵蚀公司利润；
大额提取盈余公积也有隐匿巨额利润之嫌。
钱，究竟去哪儿了？
作为“历史上最好一年”2015年过去后，紧接着万科又经历了“32年发展史中极为特殊的半年”。
“始于2015年7月的股权事件延续至今，尚未妥善解决。发行股份购买资产预案尚未达成共识，部分股东一度提议罢免全体董事、非职工代表监事，国际国内评级机构表示公司现有信用评级及展望将面临调整压力。6月底以来，公司合作伙伴、客户、员工、其他中小股东对公司前景之疑惑和担忧进一步加剧，公司的正常运营也因此受到影响。” 在半年报的董事会报告中，这家中国房地产龙头公司直截了当地道出了当前的困顿。
可即便在如此处境下，处于风口浪尖的万科依然交出了一份亮点满满的半年度答卷：上半年公司销售创历史新高，实现销售面积1409万平方米，销售金额1900.8亿元，同比分别上升55.8%和69.9%；开年仅118天销售额即突破1000亿大关，比去年同期缩短了59天，达到历史最高水平；实现营业收入近748亿元，同比增长48.8%；在全国商品房市场的占有率进一步上升至3.9%。锦上添花的是，在刚过去的7月份，万科首次入选《财富》“世界500强”，名列第356位。
一切看似无可挑剔，甚至超出大多数“看戏者”的预料。但这家新晋的世界500强企业真如表面那么光鲜亮丽吗？
且不论扑朔迷离的股权之争对公司产生怎样的影响，事实上万科自身的问题足以令投资者眼花缭乱：毛利率和净利率持续下降，营业收入大幅增长背景下净利润却增长乏力；事业合伙人制度遭受普遍质疑，随着制度的推进，万科少数股东权益及利润分配越来越高，侵蚀公司利润明显；而大额提取盈余公积也有隐匿巨额利润之嫌。尽管小股东权益难以保障，不过事业合伙人依然收益不菲，与合伙人持股计划相关的金鹏计划已大幅浮盈。
净利润增速不理想
2016年上半年，万科实现销售面积 1409万平方米，同比上升55.8%；销售金额达 1900.8 亿元，同比增长69.9%，其中广深区域和上海区域占比共计超过六成。从结算方面来看，1-6月实现结算面积654.6万平方米，实现结算收入724.8亿元，同比分别增长43.6%和49.7%；房地产业务的结算均价为11074 元/平方米，较2015年同期上升4.2%。
最终，万科在上半年实现营业收入合计747.95亿元，同比增幅为48.80%。其中房地产业务收入724.84亿元，同比增长49.70%，在营业收入中的占比达到96.9%；物业管理业务收入为17.65亿元，同比增长59.35%。
与销售与营业收入涨势良好形成对照，公司利润增幅要逊色得多。上半年万科税前利润总额为99.8亿元，扣减所得税费用后净利润为70.95亿元，与去年同期相比仅小幅增长4.51%。归属于母公司股东的净利润为53.51亿元，同比增长10.42%，均远不及营业收入的增长幅度。
对此，半年报指出，利润增长慢于收入增长的主要原因，是当期结算的相当一部分项目为2014年房地产市场调整期内售出的项目。万科进一步解释称，上半年公司房地产业务毛利率为17.55%，较2015年同期减少3.49个百分点，毛利率下降的主要原因在于长沙、杭州、无锡、沈阳、重庆、宁波、西安等城市在2014年市场调整期受影响程度较大，这些城市销售的低毛利产品在今年上半年集中进入结算期，导致整体毛利率下降。
毛利率逐年下降
尽管万科将利润增速的不理想归咎于2014年市场的调整，但事实上，2011年以来其净利润、归属于母公司股东净利润的增速已多次落后于营业收入增速。如2011年营业收入同比增幅为41.54%，而净利润、归属于母公司股东净利润的增幅分别为31.22%、32.16%；2013年营业收入同比增长31.33%，而净利润同比增幅只有16.82%，归属于母公司股东净利润增幅为20.46%，均低于同期营收的增长幅度。
《投资时报》研究员注意到，万科的毛利率在过去5年逐年下降。2010年，万科毛利率（已扣除主营业务税金及附加）为29.61%，2011-2015年分别为28.94%、25.97%、22.74%、20.95%、20.16%。而今年上半年毛利率只有17.91%。
从销售净利率来看，2010年达到17.43%，2011年以来呈持续下滑趋势。至2014年下降至13.18%，2015年有所企稳，为13.27%。而今年上半年销售净利率则进一步降至9.49%，这是2004年以来首次滑落至10%以下。
少数股东侵蚀公司利润
万科保持着较高的收入增长，而归属于上市公司股东的净利润增速比较缓慢，这固然与市场环境、公司经营有关，但另一方面，也与其备受争议的事业合伙人制度不无关系。
万科自2014年开始尝试事业合伙人制度。2014年4月23日，万科召开事业合伙人创始大会，共有1320位员工成为首批事业合伙人，其中包括王石、郁亮、孙建一、王文京4名万科董事会成员，解冻、周清平2名监事会成员以及高级副总裁谭华杰、首席运营官张旭。
事业合伙人制度包括事业合伙人持股计划和项目跟投制度。其中，按照万科的解释，项目跟投是将项目一线管理团队和股东利益紧密捆绑的管理机制，要求每个地产项目的所在区域管理层、所在一线公司管理层、项目管理人员必须自筹资金跟投，公司董事、监事、高级管理人员不得跟投，除前述人员以外的其他员工自愿跟投。
跟投投资人成为项目公司的少数股东，少数股东的构成还包括项目合作方等。根据万科半年报，截至2016年6月30日，公司合并范围内开放跟投项目123个，通过转让股权形成少数股东权益合计37.10亿元。万科子公司权益被逐渐转让给包括万科员工在内的少数股东。
随着万科跟投制度的推进，万科少数股东权益及利润分配越来越高。少数股东损益成为影响归属于母公司股东净利润的重要因素。
2014年，万科实现净利润192.88亿元，同比增长5.41%。其中少数股东损益35.42亿元，占比为18.36%，同比增幅为11.42%，高于净利润增幅。最终归属于上市公司股东的净利润仅同比增长4.14%。
在2015年以前，万科少数股东损益占净利润的份额不足两成。到了2015年，万科实现净利润259.49亿元，同比增长34.53%，与公司营收增幅相当。少数股东损益猛增至78.3亿元，同比大增121.06%，在净利润中的占比提高至30.17%，换言之，1/3的净利润被少数股东分走。受此影响，2015年未扣除少数股东损益的净利润率为13.27%，较2014年（13.18%）略有上升，但归属于上市公司股东的净利润率为9.27%，较2014年的10.76%有所下降，归属于上市公司股东净利润增幅只有15.08%。
今年上半年，虽然少数股东损益较去年同期有所下降，但在净利润中的占比依然达到25%左右，保持在较高水平。
而《投资时报》研究员从万科的资产负债表中看到，少数股东权益在股东权益中的占比，已由2014年末的24%上升至今年6月末的29.5%。
合伙人持股计划大幅浮盈
万科事业合伙人制度的另一个重要组成部分是事业合伙人持股计划。事业合伙人持股计划是事业合伙人将其在经济利润奖金集体奖金账户中的全部权益，委托给深圳盈安财务顾问企业 (有限合伙)的普通合伙人进行投资管理。
其中涉及的经济利润奖金制度源于2010年。当年万科对薪酬制度进行了改革，构建了新的薪酬体系，引入了针对集团管理团队和业务骨干的经济利润奖金计划，该计划以集团当年实现的经济利润为基数，按固定比例10%确定经济利润奖金额度。
万科2014年年报显示，2013年度计提经济利润奖金5.59亿元，在第十七届董事会第一次会议对经济利润奖金方案进行修订后，根据新的经济利润奖金方案，又一次性提取 2010 年-2013 年计提在经济利润奖金额度内留存的人民币9.11亿元，全部作为集体奖金，和之前年度计提的集体奖金一起封闭运行三年，期间不得进行分配。2015年年报显示，计提 2014年度经济利润奖金人民币7.637亿元，全部作为集体奖金。
2014年在股价低迷的背景下，合伙人持股计划加杠杆在二级市场持续买入万科A股。相关资料显示，盈安合伙通过国信证券的金鹏集合资产管理计划于2014年5月至2015年1月期间买入万科A股4.94亿股，累计耗资48.77亿元。据万科在2016中期业绩发布会透露，合伙人持股计划通过资产管理计划累计持股占公司总股本的4.49%，自首次增持以来从未减持。若按8月31日收盘价24.93元计算，金鹏计划持股市值超过123亿元，加上此前每10股派发7.2元现金，金鹏计划浮盈近78亿元，浮盈幅度近160%。由于加了杠杆，事业合伙人的实际收益率更高。
高比例提取盈余公积
此外，万科还存有通过盈余公积隐匿巨额利润之嫌。
此前，已有小股东反映权益未得到维护，在过去近十年里万科股价一直在低位徘徊，同时现金分红也不高，并对计提明显超过行业平均水平的盈余公积金提出了质疑。
从万科2015年年报可以看到，其“盈余公积”占公司总股本的比例非常大，远远超越其它同类地产上市公司。《投资时报》研究员统计后发现，至2015年末，万科盈余公积高达280.69亿元，占股本比例为254%；绿地控股盈余公积为32.54亿元，占股本比例为27%；保利地产盈余公积为21.51亿元，占股本比例为20%；华夏幸福、金地集团、中粮地产盈余公积分别为9.73亿元、16.88亿元、9.26亿元，占股本比例分别为37%、38%、51%，均远低于万科的计提水平。截至6月末，万科盈余公积保持在280.69亿元。
盈余公积是指企业从税后利润中提取形成的收益积累，可用于弥补亏损、扩大生产经营、转增资本（或股本）或派送新股等。然而，万科连年盈利，因此不需要盈余公积金弥补亏损。而自2007年“10转6”后，万科再没有实施过任何转增。
盈余公积的提取实际上是企业当期实现的净利润向投资者分配利润的一种限制。大量提取盈余公积会使得“可分配利润”基数变低，从而大幅减少股东现金分红数。在“宝万之争”前的多年内，万科虽获得巨额盈利，但却一直采取低现金分红，股价由此持续低迷，当然，这无疑为内部人组成的资管项目底部吸筹提供了巨大机会。
