万村千乡市场工程实施以来，已成为一项深受广大农民朋友欢迎的民心工程。但是目前，在具体实施中也存在许多问题，在一定程度上影响到了万村千乡市场工程的深入进行。
第一，对万村千乡市场工程的认识问题。这项工程是社会主义新农村建设的一项重要内容，是写入中央一号文件、各级政府报告的一项工作内容，是要求各有关部门都要必须做好的一项工作任务。但有些部门工作人员没能以此来指导、适应本职工作，制定新办法、新政策，而是拿那些本部门陈规陋习抵制新生事物的发展。
第二，乱收费乱罚款屡禁不止。连锁农家店作为一种新的农村零售商业模式，肯定存在一些问题，这就需要各有关部门理解并给与支持加以改进。连锁农家店建成以后，经营环境有所改善，销售额也有所增加，于是，在有些地方，试点企业连锁农家店成了相关管理部门管理的重点，而所谓管理也演变成为收费、罚款。许多农家店店主表示，开展万村千乡市场工程没有给他们带来效益，反而带来麻烦，还有要求退出不干的，这给万村千乡市场工程推进带来难题。
第三，以省政府名义下发的推进万村千乡市场工程实施意见里制定的各项优惠政策得不到落实。
第四，龙头试点企业由于普遍没有贷款，因此不能享受到商务部给与的贷款贴息，因此如何扶持龙头企业建设配送中心，做好配送工作摆在我们面前。
第五，配送体系建设难度很大，配送成本居高不下。万村千乡市场工程的核心问题就是建立一套高效有力的农村商品供应配送体系。但是由于我省连锁农家店首先是以行政乡村选点建设，配送不成规模，配送商品数量少，路途远。
第六，从业人员素质亟待提高。连锁配送作为一种现代商品流通方式，对企业形象、从业人员的素质提出更高的要求，而现在的连锁农家店从业人员的素质远远达不到要求，这是需要在今后的工作中要重点解决的问题。
